司法解决纠纷的过程，就是寻找事实、寻找法律的过程，即在准确认定事实的基础上，精准适用法律，作出公正裁判，实现个案公正，以司法公平正义促进社会公平正义。从这个意义上来讲，民商事审判要做深做实“公正与效率”工作主题，贯彻落实能动司法工作理念，使裁判结果达到“三个效果”有机统一，必须不断提升法官适用法律的能力。法律适用能力是法官的“基本功”，是实现案件公平正义的逻辑起点。
党的二十大报告将习近平新时代中国特色社会主义思想的世界观和方法论概括为“六个坚持”，其中就包括坚持系统观念。系统观念要求用普遍联系的、全面系统的、发展变化的观点来观察事物，进而把握事物发展的规律。在民商事审判中适用法律时坚持系统观念，就是要将待决案件涉及的法律问题置于整个法律体系中进行判断，从而避免只见树木不见森林。重点要处理好两个层面的问题：一是要特别关注法律规范的系统性。法律规范是一个系统整体，在横向上要以普遍联系的而不是单一孤立的观点来适用法律，要处理好某一法律条文与相关法律条文之间、某一部门法与相关部门法之间的关系，以及该法律问题与案件事实、当前经济社会现实之间的关系；在纵向上要以发展的而不是静止的观点来适用法律，要尽可能捋清拟适用法律条文的“前世今生”，并以此探究立法者的真实意旨。二是要特别注重法律适用方法的系统性。首先，要系统把握并综合运用文义解释、体系解释、历史解释、目的解释等法律解释方法。其次，要准确把握“上位法优于下位法、特别法优于一般法、新法优于旧法”等冲突法律规范选择适用规则，提高适用法律的精准性。最后，要准确把握法律溯及适用规则，处理好新旧法律的衔接适用问题，避免所适用的法律损害当事人的预期利益。
（一）关于法律解释方法的综合应用
“体系化的功能，不仅在于可对拟处理的资料获得较好之鸟瞰，以及较佳之掌握的可能性，而且为确保所认识之真知，体系化亦构成其唯一之可能途径，盖非经体系化，不能科学地思考或处理问题，并检证自思考或处理问题之经验中所取得的知识。”以合同效力体系为例，我国《民法典》将影响合同效力的因素区分为有效要件和生效要件：前者是指合同发生法律约束力所必须具备的条件，即《民法典》第143条规定的“三要件”；后者是合同实际发生当事人所追求的法律效力应具备的要件。由此，合同效力体系可以进一步分为两大类：
一类是具备有效要件的合同。一般情况下，合同具备有效要件，就可以发生当事人所追求的法律效力，但是在特殊情形下，合同有效但却因欠缺法律规定或当事人约定的特别生效要件而暂时不能发生当事人所追求的法律效力亦即履行效力，例如当事人就合同发生效力约定了条件或者期限，法律、行政法规规定合同只有经过行政部门审批才能发生效力。具备有效要件但不具备生效要件的合同为未生效合同，其与无效合同存在本质区别。未生效合同因已“依法成立”而不仅“对当事人具有约束力”，而且应“受到法律保护”，其不仅可以产生任何一方当事人不得擅自变更或解除合同以及不得恶意阻止或促成条件成就的消极义务，还可产生负有报批义务的一方履行报批手续等积极义务；而无效合同“自始不具有法律约束力”。
另一类则是欠缺有效要件的合同，还可以区分为无效、可撤销、效力待定合同。无效合同，主要是欠缺不违法或不违背公序良俗的要件。依据法律的具体规定，无效事由包括违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗、虚假意思表示、完全无民事行为能力以及恶意串通损害他人合法权益。可撤销合同，是欠缺意思表示真实要件，主要是指合同一方意思表示不真实，具体包括因被欺诈、胁迫、重大误解及乘人之危显失公平的合同。在可撤销合同中，把合同是否有效的权利赋予意思表示不真实的当事人，由其根据有效还是无效对自己更有利而进行选择。虚伪意思表示虽也是意思表示不真实，但系双方或非单方意思表示不真实，因而属于无效合同。效力待定合同，是欠缺主体民事行为能力要件，具体包括限制民事行为能力及无权代理情况下签订的合同，其价值取向与可撤销合同类似。由此可见，对合同效力的判断，不能泛化地适用《民法典》第143条，以不具备合同有效要件为由认定合同无效，而应去寻找有关具体条款，以界定合同的具体效力状态。
在违法合同问题上，对违法问题的判断，从来都是一个疑难复杂问题，在我国就经历了一个相当复杂的发展过程。《民法典》第153条第1款在吸收司法实践经验的基础上，就违反强制性规定的法律行为效力作了一个抽象的规定，即违反法律、行政法规强制性规定的合同无效，但例外有效。对于“例外”的理解需要运用法律解释方法进行确定。而在此过程中，也必然涉及价值判断和利益衡量，尤其是要考虑当事人违反法律、行政法规的强制性规定，究竟是仅需承担公法上的责任就可以实现该强制性规定的目的，还是也有必要通过否定合同效力来实现该强制性规定的目的。为此，《民法典合同编通则解释》在总结司法经验的基础上，规定五种情况属于“例外有效”范畴。比如，强制性规定不是为了保护合同当事人的民事权益，而是旨在维护政府的税收、土地出让金等国家利益或者其他民事主体的合法利益，认定合同有效不会影响该规范目的的实现。例如，开发商违反《中华人民共和国城市房地产管理法》第39条第1款第一项规定未按照出让合同约定支付全部土地使用权出让金即签订转让土地使用权的协议。司法解释所列举的五种情况是否能够穷尽“例外有效”的所有情况，有待实践进一步验证，但起码在《民法典》第153条第1款但书部分基础上为审判实践提供了范例式指引。应予注意的是，根据《民法典》的规定，可以归纳出几种强制性规定不必然导致合同无效的情况：其一，法律、司法解释明确规定违反强制性规定不影响合同效力，例如，当事人订立房屋租赁合同后，未依法办理备案登记，依据《民法典》第728条的规定，不应影响房屋租赁合同的效力；其二，当事人虽然违反强制性规定，但人民法院还要结合其他法律规定对行为性质进行认定，再在此基础上认定合同效力，例如，当事人违反《民法典》第399条关于有些财产不得抵押的规定，就需要根据具体情形结合其他法律的规定判断行为究竟是无权处分还是违反法律、行政法规的强制性规定，再据此认定合同效力；其三，如果强制性规定旨在规范合同的履行行为，则合同原则上不因违反该规定而无效，除非法律、司法解释另有规定或者合同的履行必然违反强制性规定，例如，当事人违反《民法典》第612条关于出卖人权利瑕疵担保义务规定、第617条关于出卖人违反质量瑕疵担保义务的规定或者第716条关于承租人未经出租人同意转租的规定，都不应影响合同效力。
实践中，往往存在这样的法律事实：作为合同一方当事人的公司的代理人与相对人恶意串通，损害公司合法权益。对此种情况是否可以适用《民法典》第154条的规定，认定合同当然无效，这涉及文义解释的问题。第154条所称的损害“他人”合法权益，这个“他人”是否包括所代理的公司，从文义解释看，似乎不限于合同主体之外的第三人，还包括所代理的公司。一般情况下，这样的解释结论能够实现保护被损害合法权益的公司的立法目的，但联系特定法律事实，就未必了。比如，该代理人与相对人签订合同时恶意接受明显高出市场价格的交易价，但如果物价急剧上涨，在合同履行时当初约定的价格对所代理的公司更有利，如认定合同无效，反而会使参与串通的相对人获益。再比如，如果相对人为主合同提供担保物权，将因合同无效导致担保合同无效，会对无辜的一方当事人造成“二次伤害”，与立法目的也背道而驰。这就需要进一步寻求更为合理的解释路径：代理人与相对人恶意串通损害被代理公司利益，其显然已属无权代理（在相对人是善意的情况下不影响合同有效，但相对人是恶意的情况下，毫无疑问是影响合同效力的），可以适用《民法典》第171条、第503条之规定，按效力待定来处理。此时，被代理的公司享有选择权，合同有效对自己有利的，可以追认；对自己不利的，则不予追认。按照这样的解释路径，显然能够在所有代理人与相对人恶意串通的情形，都能达到保护“他人”合法权益之目的。进一步考量的是，如果法定代表人与相对人恶意串通是否也可以沿袭这一思路，对《民法典》第504条进行目的扩张解释以作出类似处理，殊值深入探讨。
（二）关于《民法典》与商事特别法的适用关系
我国采取的是民商合一的立法体例，在《民法典》之外还存在大量商事特别法，在适用法律时必须以整体思维处理好二者之间的关系。一般来讲，在二者发生冲突的情况下，应当优先适用商事特别法的规定。不过，由于有些商事特别法是在《民法典》之前制定的，且其内容大量涉及一般性规则，并非仅仅适用于商事主体或者商事行为，这就可能同时产生新法优先于旧法的适用问题。以《中华人民共和国公司法》（以下简称《公司法》）为例，该法制定于1993年，当时虽有《中华人民共和国民法通则》关于法人的一般规定，但这些规定显然过于简单，无法满足实践的需要。在此背景下，《公司法》包含了大量法人制度尤其是营利法人制度的一般规则，实际上担负着构建法人制度尤其是营利法人制度一般规则的使命。在《民法典》制定过程中，立法机关将《公司法》中的一些条文经提炼或者修改后规定到了《中华人民共和国民法总则》，但并未同时修改《公司法》，这就造成法律适用上的困难：一方面，根据特别法优于一般法的法律适用规则，应适用《公司法》；但另一方面，凡是《民法典》与《公司法》及其司法解释规定不一致的地方，显然又是立法者有意要修改法律，如果一概适用《公司法》及其司法解释，则立法者的上述目的显然无法实现。正因为如此，《全国法院民商事审判工作会议纪要》在坚持特别法优于一般法的前提下，规定了若干例外情形，以防止《民法典》对《公司法》所作的修改被架空。目前，《公司法》正在修订过程中，一旦完成修订，则《公司法》与《民法典》的关系，不再是旧的特别法与新的一般法的关系，而是新的特别法与旧的一般法的关系。不论是基于新法优于旧法、还是特别法优于一般法的法律适用规则，修订后的《公司法》与《民法典》不一致的，应当优先适用《公司法》的规定。
再如，《民法典》施行后，我们还面临担保制度与破产制度的关系问题。《民法典》将所有权保留买卖、融资租赁、保理等规定为具有担保功能的合同，主要目的是通过登记制度来解决交易安全问题和担保物权之间的冲突问题。但是，所有权保留和融资租赁中的出卖人、出租人对标的物毕竟享有所有权，因此，在买受人、承租人破产的情况下，仍应认为出卖人、出租人享有取回权，只不过在行使该权利的同时，须承担清算义务。
（三）关于新旧法律、司法解释的衔接适用
《民法典》施行后，在相当一段时间内，人民法院都会面临新旧法律、司法解释的衔接适用问题。为解决这一问题，最高人民法院不仅发布了《关于适用〈中华人民共和国民法典〉时间效力的若干规定》（以下简称《民法典时间效力司法解释》），还于2021年4月发布了《全国法院贯彻实施民法典工作会议纪要》。但是，对于一些问题仍存在争议：第一种情况涉及《民法典时间效力司法解释》本身的理解与适用。例如，合同订立在《民法典》施行前，但违约行为持续到《民法典》施行后，应当适用《民法典》还是原来的《合同法》。这就涉及《民法典时间效力司法解释》第1条的理解与适用。笔者认为，合同成立是发生合同关系的法律事实，而违约并非引起合同关系的法律事实，因此合同纠纷案件的审理原则上还是应当适用合同成立时的法律。当然，根据《民法典时间效力司法解释》，如果《民法典》的相应规定具有溯及力，则应当适用《民法典》的规定。第二种情况涉及新司法解释的时间效力。关于新司法解释的溯及力，应根据司法解释涉及的问题区分两种情况处理：其一，如果新司法解释涉及的是《民法典》没有变化的规则，则新司法解释原则上有溯及力，即溯及到该规则施行之时，但如果适用的是旧法，就只能将新司法解释的规定作为裁判说理的依据，不能作为裁判依据。例如，《民法典担保制度解释》第52条就抵押预告登记的效力作出了规定，但预告登记制度早在《物权法》中就有规定，抵押预告登记的实践也早已有之，因此，尽管《民法典担保制度解释》是根据《民法典》制定的，但司法解释关于抵押预告登记效力的规定，也可以作为我们理解和适用《物权法》关于预告登记规定的依据。其二，如果新司法解释涉及的是《民法典》有变化的规则，则新司法解释是否有溯及力，应取决于《民法典》这一规则本身是否有溯及既往的效力，只有在《民法典》这一新规则有溯及力时，新司法解释的相应规定才有溯及力，否则就没有溯及力。例如，《民法典担保制度解释》第13条关于共同担保人之间相互追偿的规定，就应区分共同保证和混合共同担保：如果是共同保证，因《中华人民共和国担保法》及其司法解释与《民法典》的规定不一致，且《民法典》就这一问题的规定不具有溯及力，故《民法典担保制度解释》就不具有溯及力；但是对于混合共同担保，因《物权法》与《民法典》的规定并不冲突，《民法典担保制度解释》自然可以溯及到《物权法》施行之时。
